Instytucja Certyfikująca odpowiada w szczególności za:
-
opracowanie i przedłożenie Komisji poświadczonych deklaracji wydatków i wniosków o płatność;
-
poświadczanie, że deklaracja wydatków jest dokładna, wynika z wiarygodnych systemów księgowych i jest oparta na dokumentacji, którą można zweryfikować;
-
poświadczenie, że zadeklarowane wydatki są zgodne z zasadami wspólnotowymi i krajowymi oraz zostały poniesione w związku z projektami wybranymi do finansowania;
-
zapewnienie, że otrzymała od Instytucji Zarządzającej odpowiednie informacje na temat procedur i weryfikacji wydatków;
-
uwzględnianie wyników wszystkich audytów przeprowadzanych przez instytucję audytową lub na jej odpowiedzialność;
-
utrzymywanie w formie elektronicznej zapisów księgowych dotyczących wydatków zadeklarowanych Komisji Europejskiej;
-
uwzględnianie informacji o wykrytych nieprawidłowościach w programie operacyjnym;
-
uwzględnianie wyników kontroli wydatków prowadzonych przez Instytucje Zarządzające;
-
opiniowanie wydatków;
-
przeprowadzanie w instytucjach zarządzających oraz instytucjach im podległych (lub ewentualnie u beneficjenta) wizyt sprawdzających.
Nadzór Instytucji Certyfikującej jest zadaniem jednego z członków Kierownictwa Ministerstwa Rozwoju Regionalnego. Podlega on bezpośrednio Ministrowi Rozwoju Regionalnego i podejmuje w sposób niezależny decyzje dotyczące dokonywania lub wstrzymywania poświadczania deklaracji wydatków oraz wniosków o płatność, które są kierowanie do Komisji Europejskiej.
Instytucja Pośrednicząca w Certyfikacji (IPOC)
W przypadku regionalnych programów operacyjnych Instytucja Certyfikująca przekazała na podstawie zawartego porozumienia część swoich obowiązków do Urzędów Wojewódzkich. Instytucje, które otrzymały takie uprawnienia to tzw. Instytucje Pośredniczące w Certyfikacji.