Instytucja Zarządzająca (IZ) odpowiada za zarządzanie Programem i jego realizację zgodnie z zasadą należytego zarządzania finansami. IZ realizuje swoje obowiązki w szczególności poprzez:
-
opracowanie i uzgadnianie wytycznych dla Instytucji Pośredniczących (IP)/beneficjentów,
-
uzgadnianie wzorów umów i innych dokumentów,
-
zatwierdzanie instrukcji wykonawczej IP,
-
prowadzenie kontroli systemowych IP
-
wydawanie zaleceń dla IP/ Instytucji Pośredniczących II stopnia (IP II),
-
bieżące monitorowanie realizacji programu,
-
weryfikację poświadczeń i deklaracji wydatków / wniosków o płatność przedstawionych przez IP,
-
przekazywanie do Komisji Europejskiej wniosków o potwierdzenie udzielenia pomocy dla dużych projektów.
Część zadań IZ została powierzona Instytucjom Pośredniczącym (IP) na mocy porozumień.