Projekty indywidualne charakteryzuje strategiczne znaczenie dla realizacji programu i są wskazywane przez Instytucję Zarządzającą. Instytucja Zarządzająca lub Instytucja Pośrednicząca mogą również imiennie wskazać beneficjenta projektu indywidualnego. Realizacja projektów indywidualnych jest możliwa wyłącznie w obszarach problemowych, określonych przez Instytucję Zarządzającą dla poszczególnych obszarów wsparcia. Obszary te powinny wynikać bezpośrednio ze strategii sektorowych, wojewódzkich lub innych programów przyjętych dla danego obszaru wsparcia.